01：Prologue
02：Opening
03：Battle
04：戦闘終了
05：起動試験
06：想いで
07：Gnosis
08：覚醒
09：シオンの危機
10：戦闘するKOS-MOS
11：哀しみ
12：Life or Death
13：Game Over
14：Margulis
15：追われる宇宙船
16：Relief
17：日常
18：U.M.N.MODE
19：Durandal
20：敵艦内の侵攻
21：U-TIC機関
22：心を閉ざした少女
23：Kookai Foundation
24：Shion 〜過去の記憶〜

01：Ormus
02：Nephilim
03：温もり
04：不安
05：The Resurrection（未使用）
06：虚無の浜辺
07：Green Sleeves
08：Zarathutra
09：KOS-MOS
10：Panic
11：Song of Nephilim
12：The Miracle
13：Inner Space
14：Albedo
15：Ω
16：Proto Merkabah
17：Last Battle
18：Pain
19：Escape
20：Kokoro
21：Shion 〜想い〜